影片以一场神秘的追杀拉开序幕，张孝智（彭禺厶饰）、钱眼儿（何其炜饰）、禾苗（曾妮饰）三人驱车逃命，无缝衔接《宝塔1》，不料汽车坠入山崖，禾苗中枪被炸身亡，孝智与钱眼被救于虎水镇，结识了金国后裔完颜

清朝末年，城中百姓多数染上怪病。关心国家命运的禾苗希望张孝智助自己到水下地宫取得宝藏。但另有几方势力为了获得地宫宝藏展开了一场大乱斗。最终，众人发现所谓的宝藏根本子虚乌有。而导致盛京变成人间地狱的根源

永乐十年，朱棣下令在南京被烧毁的天禧寺的基础上，重新修建一座皇家寺院，为了报答父母的恩德，名为大报恩寺，并修建九级琉璃塔，但是直到朱棣临终之时，琉璃塔都没有竣工。相传报恩寺内还隐藏着关于朱棣的一个秘密

穷书生江流被捉妖大师钟无敌临危受命，担负起斩妖除魔拯救人间的使命。在斩妖除魔的路上，小蛇妖无言一路跟随江流，无言为了保护江流深受重伤，两人感情急剧升温，最终江流成长为一代捉妖大师，为了拯救深陷困境